O Curso de Pós-Graduação em Patologia da UNIFESP-EPM foi criado em 1978, pelo então chefe do Departamento de Patologia, o Professor Jorge Michalany, com a colaboração dos docentes do departamento, dentre os quais, o jovem Dr. Miguel Burnier, graduado e com residência  no Departamento de Patologia da Universidade Federal do Paraná, o qual teve assessoria do Professor  Titular de Clínica Médica, o Professor Osvaldo Ramos. O curso de mestrado foi o primeiro curso credenciado pelo Conselho Federal de Educação em 1981 (Parecer No.878/81). Os primeiros alunos foram os docentes do Departamento: Miguel Burnier, Maria Nisa Ivo de Lima, Nylceo Michalany, Antonio Correa Alves, Oswaldo Gianotti Filho, Giles Landman e João Norberto Stávale. Posteriormente com o desenvolver da residência médica, os alunos egressos da Residência em Patologia foram matriculados, bem como egressos de outras Residências do País. O Mestrado foi recredenciado em 1988, ano também em que foi credenciado o Doutorado, uma conquista do Programa desde 1985. Para formar o Corpo Docente do Doutorado o Programa contou com a colaboração de docentes de outras Disciplinas, especialmente cadeiras Básicas e Morfologia. Os cursos de mestrado e doutorado foram inicialmente destinados apenas a médicos patologistas. Em 1989, a Professora Francy dos Reis Patricio iniciou seu primeiro mandato como coordenadora do programa. Na sua gestão, os cursos de mestrado e doutorado passaram a matricular médicos de outras especialidades e não médicos, fato que deu grande impulso ao programa, proporcionando aumento no Corpo Docente e Discente e a criação de novos laboratórios, além da infraestrutura dos laboratórios do Departamento.  Desde então, o programa vem formando mestres e doutores com formação científica abrangente em patologia humana, forense, experimental e ambiental.  O perfil atual do corpo docente é multiprofissional, formado por patologistas, farmacêuticos, biólogos, biomédicos, fisioterapeutas e dentistas.  O corpo discente acompanha o caráter multidisciplinar.

Coordenadores dos últimos anos:

2017-2024: Profª Drª Rita de Cássia Sinigaglia (farmacêutica)

2011-2017: Prof. Dr.  Gilles Landman (médico patologista)

2009-2011: Prof. Dr. Norberto Stávale (médico patologista)

2007-2009: Profª Drª Silvia Saiuli Ihara (biomédica)

2003-2006: Profª Drª Francy dos Reis Patrício (médica patologista)

2000-2002: Prof. Dr. Marcello Fabiano de Franco (médico patologista)