O Programa de Pós-Graduação em Patologia conta com laboratórios multiusuários e laboratórios compartilhados do departamento de Patologia, ou ainda, laboratórios mantidos por demanda competitiva:

1. Laboratório de Patologia Molecular e Forense (5 º andar do Edifício de Pesquisa I, demanda competitiva) - Profa. Dra. Edna Iwamura.
2. Laboratório de Patologia Experimental (5 º andar do Edifício de Pesquisa I, demanda competitiva) – Prof. Dr. Ricardo Artigiani e Profa. Dra. Celina Oshima.
3. Laboratório de Imuno-histoquímica (1º andar do Edifício Lemos Torres): laboratório de rotina diagnóstica do Departamento de Patologia, automatizado, que também é utilizado para realização de investigações.
4. Laboratório de Rotina Assistencial em Anatomia Patológica (1º andar do Edifício Lemos Torres): visando a rotina assistencial do Hospital Universitário, é frequentemente utilizado como laboratório de apoio às pesquisas desenvolvidas no Programa de Pós-Graduação da Patologia.
5. Laboratório Multiusuários de Patologia Molecular (Departamento de Patologia) – Prof. Dr. Gilles Landman.
6. Laboratório de Histotecnologia - laboratório de patologia básica para confecção de lâminas dedicado aos pesquisadores, com processador automático de tecidos a vácuo, estação de inclusão de blocos de parafina, micrótomos (automáticos e manuais), banhos-maria, uma câmara de incubação para FISH e uma estação automatizada de confecção de microarranjos de tecidos (TMA).
7. Laboratório de Captura de Células - inclui uma estação de microdissecção para captura a laser de células a fresco, parafinadas, marcadas por imunofluorescência e também com instrumento denominado de Tweezer, que tem capacidade de transportar células vivas de uma placa de petri a outra; um criostato para corte de material a fresco; um microscópio Hibridização Fluorescente In Situ  (FISH) e dois microscópios óticos comuns.
8. Laboratório de Imagem - inclui duas estações de digitalização e análise Scanscope APERIO para fluorescência e cortes histológicos convencionais, imuno-histoquímica e TMA. Estes equipamentos estão ligados a um servidor com 6 terabytes para armazenamento de dados, que está interligado à rede de internet da UNIFESP. Também alocados neste espaço estão duas estações de documentação fotográfica de géis de agarose e dois termocicladores.
9. Laboratório Multidisciplinar em Saúde e Meio Ambiente (Campus Diadema) – Profª Drª Paula Midori Castelo e Profª Drª Caroline Marcantonio Ferreira. trata-se de laboratório de 100 m2, compartilhado com outros docentes, que possui HPLC, leitor Elisa multiplacas, Espectrofotômetro, freezer ‐80C, entre outros.
10. Biobanco UNIFESP, Órgão Complementar (1º andar do Edifício de Pesquisa I) – Prof. Dr. Gilles Landman: O Biobanco-UNIFESP está em funcionamento, . Trata-se de biobanco de material biológico humano, que contará com 5 ultracongeladores (-80 graus C) com capacidade para 20.000 amostras cada, num total de armazenamento potencial de 100.000 amostras, estação para manuseio de amostras liquidas, estações de extração de DNA e RNA, computadores e programa para registro e controle de amostras, tudo adaptado à nova portaria do CONEP para guarda de amostras biológicas, dentro das melhores práticas de laboratório e legislação vigente. Neste momento, após cerca de 3 meses de atividade, estão armazenados mais de 5000 frascos de soro de doadores, dentro do levantamento de pacientes COVID-19 na comunidade do Campus São Paulo. Novas amostras de pacientes internados nesta pandemia estão sendo coletados. Para maiores informações, acesse o site do Biobanco.
11. Centro de Microscopia Eletrônica, Órgão Complementar (térreo do Edifício Ciências Biomédicas) - Profª Drª Rita de Cássia Sinigaglia: Tem como finalidade apoiar a pesquisa científica por meio de microscopia eletrônica, microscopia de luz e de técnicas associadas, bem como desenvolver atividades de ensino de graduação e pós-graduação. Trata-se de uma plataforma multiusuário para o atendimento de pesquisadores da UNIFESP e externos mediante a apresentação de projetos. Em 2014 foi criado um comitê gestor, do qual participa o Coordenador do Programa de PG em Patologia. O parque de equipamentos inclui: um microscópio eletrônico de transmissão Jeol 1200 EXII, um microscópio eletrônico de varredura por emissão de campo FEI Quanta FEG 250, 2 ultramicrótomos, 1 microscópio de luz com sistema de captura digital de imagem, sistema de criosubstituição, sistema de criofixação, equipamentos de secagem pelo método do ponto crítico, de metalização de ouro e de evaporação de carbono. Além disso, o CEME também tem como objetivo formar profissionais qualificados na área de microscopia que possam liderar novos grupos de pesquisa no futuro, atuando como facilitadores de projetos multidisciplinares e de cooperação. Para maiores informações, acesse o site do CEME.